1995: Die AHE kündigt den Anschlußvertrag zur DB-AG in Bodenburg. Sie wird damit faktisch zum Inselbahnbetrieb. Die letzten auf dem ehemals angemieteten Gleis 3 stehenden Fahrzeug werden im September abgeholt und nach Almstedt gebracht. Gerüchte über einen Rückbau der Gleisanlagen zum Jahresende machen die Runde.
1996: In großen Maße werden im Frühjahr die Gleisanlagen im Bereich Bodenburg zurückgebaut. Dies betrifft in erster Linie die letzten beiden Anschlüsse zur Zuckerfabrik Östrum (Totalabbau sämtlicher Gleise bis zum Bodenburger Bahnübergang), sowie den Anschluß des Landhandels "Hesse". Die vor dem ehemaligen Lokschuppen befindliche Drehscheibe wird verschrottet, die Grube verfüllt. Von Seiten der DB-AG werden die Richtung Almetalbahn abzweigenden beiden Weichen, sowie die Weichen zum Zufa- Anschluß und zum Landhandel ausgebaut und im nahegelegenen Derneburg wieder eingebaut.
1997-1999: In diesem Zeitraum werden die beiden Gleise 4 und 5 nach Bedarf weiter "gefleddert". Dabei bleiben manchmal Fragmente von etwa 60 cm Länge einfach liegen, während links und rechts die Gleise komplett verschwunden sind. Bis etwa 1998 wird seitens der DB-AG noch in das direkt vor dem Bahnhofsgebäude befindliche Gleis 1 eingefahren, dann jedoch legt man die hierzu im Abzweig zu durchfahrende Weiche aus Wartungsersparnisgründen im geraden Zustand fest und läßt bis heute die Züge nur noch über Gleis 2 einfahren. Sämtliche Gleisanlagen außer den erwähnten Gleisen sind seit Mitte der neunziger Jahre aus dem Instandhaltungsprogramm herausgenommen worden und gelten als stillgelegt. Insgesamt muß man sagen, daß die letzte positive optische Aktion im Bahnhofsbereich Bodenburg der Neuanstrich des Gaststättenteils des Bahnhofsgebäudes durch die AHE, unterstützt von ABM-Kräften im Jahr 1989 war. Ein Gesamtanstrich des Gebäudes wurde damals durch die DB abgelehnt, weil man nicht einmal mehr in die Farbe investieren wollte...
2000: Ein sehr wichtiger Schritt in Richtung Erhalt der Bahnhofsanlage. Auf Betreiben der AHE wird das gesamte Bahnhofsensemble inklusive Gleis- und Signalanlagen unter Denkmalschutz gestellt. Der Abbau jeglicher Einrichtungen ist seitdem nicht mehr zulässig.
2001: Die DB-AG versucht , das seit Jahren verkommende Bahnhofsgebäude für fast eine viertel Million DM (!) zu verkaufen, verständlicherweise bis heute vergeblich. Inzwischen gibt es auch keinen Fahrkartenverkauf mehr im Bahnhof, auf der Bahnsteigseite befindet sich ein Automat.
2003: Die "Eurobahn" erhält die Transportleistung für den Personenverkehr ab Ende 2003 für mindestens die nächsten 8 Jahre zugesprochen. Damit sind die Tage der DB-AG in Bodenburg gezählt, da auch die Strecke an das Land Niedersachsen abgetreten wurde. Geplant ist seit Jahren der Rückzug der Strecke bis hinter den Bahnübergang und der komplette Neubau eines Haltepunktes. Damit bliebe der "alte" Bahnhof Bodenburg ein Relikt, welches so sicher auch keinen Käufer finden wird. Die AHE ist offensichtlich bislang der einzige Interessent am Gelände.
In Folge der lange betriebenen Verwahrlosung sind etliche Gleise und Teile des Bahnsteigs inzwischen nicht nur mit Unkraut bewachsen, auch richtige Bäume stehen bereits an einigen Stellen zwischen den Gleisen. Der allgemein sehr schlechte Eindruck der Bahnhofsanlage (Die Eurobahn soll sich sogar gerüchteweise geweigern, hier einzufahren, wenn sich am Zustand nichts ändere) und die weitere Untätigkeit der DB-AG veranlaßten die AHE-Aktiven, hier selbst Abhilfe zu schaffen. Bei der zuständigen Stelle der DB-AG erhielt man tatsächlich grünes Licht für eine Strauchschneide- und Rodungsaktion im Bahnhofsbereich. So machten sich einige Aktive am Samstag, den 15.03. mit dem Bagger, einem Flachwagen und dem SKL auf nach Bodenburg...
